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La cruauté est un thème récurrent et deux chapitres, «De la cruauté» et «Couardise mère de la cruauté», s'y consacrent explicitement dans les essais de Montaigne.
Dans ces chapitre l'humaniste aborde la cruauté comme étant un abus de pouvoir, une souffrance infligé à une victime sans défense, et comme la délectation de la souffrance d'autrui.
La cruauté constitue un critère de distinction entre les guerres de Religion et les guerres d'avant, idéalisées : Trois facteurs expliquent le glissement de la guerre réglée au carnage de la guerre civile:
- l'intervention du populaire
- une religion enchantée
- la permanence du conflit.
L'intervention du populaire ( peuple )
Montaigne dénonce la responsabilité du peuple, désigné comme responsable de ces cruautés. Il perçoit le peuple comme facilement manipulable, et manifestant une témérité pour le combat qui n'est en fait que lâcheté car elle anéantit l'ennemi pour l’empêcher de se venger. Montaigne s'étonne que les Hommes tuent l'ennemi qui est d'une autre religion pour prétendre entrer au Paradis.
Livre II Chapitre XXVII
«Les meurtres des victoires s'exercent ordinairement par le peuple et par les officiers du bagage, écrit-il: et ce qui fait voir tant de cruautez inouies aux guerres populaires, c'est que cette canaille de vulgaire s'aguerrit et se gendarme à s'ensanglanter jusques aux coudes et à deschiqueter un corps à ses pieds, n'ayant ressentiment d'autre vaillance.»
La religion enchantée
La polémique de l'étude de Dieu: l'humaniste dénonce les effets nuisible de cette polémique. De même, il dénonce les «factions des Princes sur le subject de la Theologie [qui] sont armées, non de zele, mais de cholere» Pour lui la superstition n'est que présage et fausse croyance. Il condamne la croyance au présage.
Livre I Chapitre XXXI
« Mais je trouve mauvais ce que je voy en usage, de chercher à fermir et appuyer nostre religion par le bon-heur et prospérité de nos entreprises, écrit Montaigne. Nostre creance a assez d'autres fondemens, sans l'authoriser par les evenemens : car, le peuple accoustumé à ces argumens plausibles et proprement de son goust, il est dangier, quand les evenemens viennent à leur tour contraires et desavantageux, qu'il en esbranle sa foy »
Cette spiritualité combattante est condamnée par Montaigne comme responsable des guerres civiles.
La permanence du conflit
La permanence du conflit religieux entretient les haines et empêche une solution politique satisfaisante pour les partis.
Au lieu de résoudre les conflits, les guerres de Religion, précise Montaigne dans ses essais, sont un supplément de guerre à la guerre: cette guerre civile «vient guarir la sedition et en est pleine, veut chastier la desobeyssance et en montre l'exemple; et, employée à la défense des lois, faict sa part de rebellion à l'encontre des siennes propres. ( Viens défendre la révolte concentrée sur l'autorité légale et veux punir la désobéissance et en montre l'exemple: employée à la défense des lois puis se rebelle contre celle qui lui sont propres).
Dans les guerres de Religion, Montaigne observe donc une dégénération de la guerre, liée à une dilution du combat à la fois sociale (participation des humbles à la guerre), religieuse (mobilisation de la foi dans ce qui n'est qu'une affaire de fortune) et temporelle (continuité du conflit). La cruauté symbolise cette dégénération.